Fue niño corista en la Catedral de Palencia y se hizo allí capellán del coro y maestro suplente el 14 de mayo de 1646. El 19 de diciembre de ese año fue nombrado maestro de capilla en la Catedral de Léon, y el 16 de septiembre  de 1650 maestro de capilla en la Catedral de Toledo. Varias dificultades encontradas en Toledo -incluyendo el nacimiento de su hijo ilegítimo Tomás- le obligaron a abandonar el puesto por uno similar en el convento de las Descalzas Reales en Madrid el 19 de julio de 1662; permaneció allí hasta su muerte a comienzos de 1667.

Estaba entre los mejores y más prestigiosos compositores españoles de mediados del siglo XVII; sus alumnos incluyeron (además de su propio hijo) a Pedro Ardanaz, Matías Durango de los Arcos, Miguel de Irizar y Alonso Xuares. 

Es difícil distinguir entre las obras de los dos compositores, la mayoría de las cuales sobreviven en manuscritos en Segovia y Salamanca. Las que están en Segovia probablemente son del padre, la mayoría de las de Salamanca son del hijo.